不可以。拆除座椅属于违法行为，根据《中华人民共和国道路交通安全法》第十六条第一款之规定，拼装机动车或者擅自改变机动车已登记的结构、构造或者特征的，处五百元以下罚款，并由公安机关交通管理部门责令恢复原状，所以二手车是9座后面登记改成6座不可以。车辆的所有信息，都在登记证书上，除了车的归属名字和可变更颜色外，可以改，别的都是不可以更改的。出厂几座就是几座，变更了，就是不合法不合格的，只可以审情变更颜色，和过户变更车主，其它更改，车管所是一律不受理的。